En la Copa Merconorte fue eliminado en la primera ronda. Por otra parte, en la Copa Merconorte 2001, se quedó por fuera en el Grupo D al ser segundo con 10 puntos, dos menos que C. S. Emelec, primero de la zona y finalmente subcampeón de aquel torneo. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser éste el ganador del Torneo Apertura. Para el segundo semestre, Nacional afrontó la Copa Sudamericana eliminando al Universitario de Perú, pero cayendo derrotado frente a Millonarios F. C. de Bogotá. Sin embargo, a mitad de semestre, Carlos Navarrete, llegaba como nuevo técnico nacionalista, tras la dimisión de Santiago Escobar. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo y el que camisetas futbol 2021 le diera la corona a Junior en el estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano. El primer partido, disputado en el estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia. En el siguiente partido, Nacional le ganó a Alianza Lima en Lima por un marcador de 3-2. En su tercer partido, con un marcador de 2-0, Nacional le ganó a la Liga Deportiva Alajuelense como local.
En el partido de ida la ganó 2-0 en Bogotá, y en el de vuelta perdió como local 2-1. Sin embargo, ropa atletico de madrid el resultado global quedó 3-2 favoreciendo al verde. El 28 de enero, marcó su 20º gol de la temporada en la victoria de cuartos de final de Copa del Rey 3-2 sobre el Atlético de Madrid. 13.5 Temporada 2014/2015: Supercampeón de España. Poco más de dos meses después anotó su primer tanto con el equipo reserva, llegando a finalizar la temporada con trece goles en dieciocho partidos. Al año siguiente, en 2001, Nacional se quedó a un paso de clasificar a los cuadrangulares semifinales de fin de año, ya que fue noveno con 63 puntos, los mismos de Independiente Medellín, pero con peor diferencia de goles. Tarde perfecta de los rojiblancos que se impusieron de principio a fin a un flojo Granada al que quizá le pasó factura la jornada europea el jueves. El club ha alcanzado por primera vez en su historia la cifra de 100.000 socios y queremos celebrarlo con nuestros aficionados aprovechando la visita del Fútbol Club Barcelona este fin de semana.
En aquel equipo militaron futbolistsa como Jesé Rodríguez y Álvaro Morata —referentes del grupo— Dani Carvajal, Nacho Fernández, Denís Chéryshev o Lucas Vázquez entre otros, formando otra de las mejores generaciones dadas por el club. Ante la gran deuda que arrastra el club, las acciones se ponen a la venta, un gran paquete de acciones, más del cincuenta por ciento, lo adquiere el grupo madrileño Asesoramiento Deportivo Andaluz (ADA). Entonces Elourdy, directivo del Athletic Club, viajó a Londres a comprar camisetas para ambas sucursales del Blackburn Rovers Football Club, de quien habitualmente se abastecían. Desde fines de la década del ’90 funciona la red de clubes denominada Megatlon, una de las más importante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. 18 de enero: en El Salvador se celebran elecciones parlamentarias y locales, resultando vencedor en las legislativas el FMLN y en las municipales el ARENA. En mayo se da la salida del técnico Ramón Cabrero por malos resultados y por diferencias con la hinchada, por lo que se dejó como técnico interino a José Fernando Santa, encargado de las divisiones menores.
Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, quedándose por fuera del cuadrangular final. Estiven Vélez, quien fue transferido al Ulsan Hyundai de Corea del Sur. Nacional llegó a la final en compañía del Deportivo Cali. Un mes después eliminó en una disputada eliminatoria al Granada Club de Fútbol y accedió a su 38.ª final del torneo contra su eterno rival, la Real Sociedad de Fútbol. Fue organizada por el Club Atlético Colón, equipo de fútbol argentino. El fútbol es su disciplina más destacada, aunque también compite a nivel profesional y nacional, en básquet, handball, futsal y fútbol femenino, mientras que deportes como el boxeo, kick boxing, sibpalki, patinaje artístico y ajedrez se practican a nivel amateur. Le correspondió jugar el grupo A, con Deportes Tolima, Independiente Medellín y el Deportivo Cali. Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica, Necaxa de México, y Alianza Lima del Perú, eran los otros integrantes del grupo en el que se encontraba el Atlético Nacional.